Bütünüyle 38x48 m2’lik bir alanı kaplar. Kuzey cephesine hâkim taçkapısı başlı başına bir sanat şaheseridir. Taç kapıdan avluya geçilir. İnce uzun avlunun etrafı sütunlarla çevrilidir. Öğrenci odaları avlunun etrafında yer alır. Güneydeki eyvana bitişik bir kümbet vardır. Kümbet kübik bir kaide üzerine poligonal bir gövde ve konik külahtan oluşmaktadır. Portal nişi oldukça derin ve üzeri mukarnaslarla örtülmüştür. Kapıyı değişik genişlikte palmet motifli beş silme çerçevelemiştir. Sağda ve solda iki gömme sütuncuk yer alır. Geniş silmelerden en dıştakinde bir vazocuk içerisinden çıkan stilize bir hayat ağacının kapıyı kuşattığı görülür.

Taç kapının sağında ve solunda iki taraflı olmak üzere dört tane kabartma ele alınmıştır. Kalın birer silmenin çevrelediği bu panolardan sağdakinde çift başlı kartal panosu bulunmaktadır. Çifte Minareli Medrese’de kullanılan geometrik süslemeler daha çok avludaki sütun gövdelerinde, eyvanların cephelerinde, öğrenci odalarının kapı silmelerinde görülür. Bitkisel bezeme ise, taç kapıda avlu sütunlarının birbirine bağlayan kemerlerin yüzlerinde ve kümbetin içinde karşımıza çıkar. Bugün kısmen tahrip olmuş 16 oluklu firuze rengi çini kakmalı tuğla minarelerin kürsüleri dikkati çeker. Uzun yıllar medresenin 1. Alaaddin Keykubat’ın kızı Huvand (Huand) Hatun zamanında yaptırıldığı ileri sürülmüştür. Bunun için yapının bir adı da Hatuniye Medresesi’dir. Medresenin 1285-1290 yılları arasında İlhanlılar zamanında yaptırıldığı düşünülmektedir.